Diferencia en calculos (Manual VS Nomipaq)

En lo personal, lo interpreto como lo hace gregahdz.

Tratandose de los demas trabajadores, el 50% de las remuneraciones por concepto de tiempo extraordinario o de la prestacion de servicios que se realice en los dias de descanso sin disfrutar de otros en sustitucion, que no exceda el limite previsto en la legislacion laboral (aqui realizamos el calculo respectivo, esto es, el 50%) y sin que esta exencion exceda del equivalente de cinco veces el salario mínimo general del area geografica del trabajador por cada semana de servicios (aqui comparamos la cifra anterior, con los 5 SMGAGT semanales. La cantidad exenta sera la que resulte menor).

La vdd como no habia trabajado con el nomipaq, no se si los parametros que marca en cuanto a estos calculos, son generales o si se definen por cada empresa.
En este caso entonces puedo solicitar que se cambien los parametros del sistema???? que me recomiendan????, en nuestra empresa se pagan muchas horas extras, por eso considero adecuado el poderles definir y fundamentar cualquier cambio que se solicite.