Hola buenas tardes
Sin duda alguna pareciera que al margen de cómo están redactados ambos ordenamientos (Código financiero del D.F. y Código financiero del Edomex.) pareciera que tendrías que pagar en ambos lados, por un lado el Código financiero del Estado de México es muy claro en su art. 56 que grava a las personas que realicen pagos en efectivo o especie por concepto de remuneraciones al trabajo personal prestado dentro del territorio del estado, al igual que existe la obligación de retener y enterar dicho impuesto quien contrate la prestación de servicios a contribuyentes que estén fuera del territorio de la entidad siempre que el servicio se preste en dicha entidad, aquí es muy claro el ordenamiento no hay vuelta de hoja; pero por otro lado el Código financiero del D.F. obliga al pago de dicho impuesto a personas físicas y morales que, en el D.F. realicen erogaciones en dinero o especie por concepto de remuneración al trabajo personal subordinado, independientemente de la designación que se le otorgue, es muy ambigua dicha disposición al respecto.
En mi opinión yo no pagaría el impuesto sobre nominas en al D.F. por los empleados que efectivamente se encuentren prestando servicios en territorio mexiquense y que por los mismos me estén reteniendo un gravamen similar, pero seria importante realices una consulta por escrito a las autoridades del D.F. y partiendo de la respuesta estarías en condiciones de ejercitar alguna acción al respecto en caso que no te sea favorable.