samijo, disculpa lo extenso de este comentario, sí la empresa que importó es independiente de la que pagó la mercancía que pésima administración y si son hermanitas, peor administración, por enviar el pago al extranjero en vez de depositar el dinero a la importadora para que ésta a su vez lo transfiera al proveedor y dejar así mejor armada la operación. La Ley de ISR dice que para poder deducir, la empresa que realizó la importación y por ende pagó los aranceles y por tanto es el contribuyente que recibió y puede vender la mercancía que compró en el extranjero, debe comprobar que cumplió los requisitos legales aduaneros, además de que de su cuenta bancaria nunca saldrá un pago por la factura que a su nombre tiene y a favor del proveedor extranjero:
LEY DEL ISR
Artículo 31. Las deducciones autorizadas en este Título deberán reunir los siguientes requisitos:
XV. Que en el caso de adquisición de mercancías de importación, se compruebe que se cumplieron los requisitos legales para su importación. Se considerará como monto de dicha adquisición el que haya sido declarado con motivo de la importación.
Una vez efectuado el despacho, la importadora ingresó la mercancía a su almacén y podrá afectar el costo de ventas fiscal cuando la enajene, anotando en las facturas de venta que entregue a sus clientes el número de pedimento, la aduana y la fecha por la que se efectuó la importación.
LEY ADUANERA
ARTICULO 59. Quienes importen mercancías deberán cumplir, sin perjuicio de las demás obligaciones previstas por esta Ley, con las siguientes:
Llevar los sistemas de control de inventarios en forma automatizada, que mantengan en todo momento el registro actualizado de los datos de control de las mercancías de comercio exterior, mismos que deberán estar a disposición de la autoridad aduanera.
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La empresa que pagó al extranjero no tiene ninguna posibilidad de deducir porque no ha legalizado ninguna operación de comercio exterior. Esta empresa debió comprarle la mercancía ya legalizada a la empresa que realizó los trámites y pagó los aranceles. Sólo te queda evaluar el contratar a un bufete legal especializado en comercio exterior que te pudiese dar una solución factible a la posibilidad que parece darte el último párrafo del artículo 64 de la Ley Aduanera:
Capítulo III
Base gravable
Sección Primera
Del impuesto general de importación
ARTICULO 64. La base gravable del impuesto general de importación es el valor en aduana de las mercancías, salvo los casos en que la ley de la materia establezca otra base gravable.
El valor en aduana de las mercancías será el valor de transacción de las mismas, salvo lo dispuesto en el artículo 71 de esta Ley.
Se entiende por valor de transacción de las mercancías a importar, el precio pagado por las mismas, siempre que concurran todas las circunstancias a que se refiere el artículo 67 de esta Ley, y que éstas se vendan para ser exportadas a territorio nacional por compra efectuada por el importador, precio que se ajustará, en su caso, en los términos de lo dispuesto en el artículo 65 de esta Ley.
Se entiende por precio pagado el pago total que por las mercancías importadas haya efectuado o vaya a efectuar el importador de manera directa o indirecta al vendedor o en beneficio de éste.
Los abogados te podrán decir si tiene suficiente soporte legal fiscal (conociendo al SAT) que se le quiera dar la vuelta a la situación simulando que la empresa pagó al extranjero por cuenta y orden de la importadora como un anticipo de la compra que le va a hacer de la mercancía que nos ocupa. Y digo anticipo porque la importadora debe fijar su precio de venta considerando además de la factura comercial todas las erogaciones adicionales como aranceles pagados, fletes, seguros, honorarios de agente aduanal, etc, más su margen de utilidad, el cual debe ser generoso porque ya se vincularon aduanalmente hablando, según lo siguiente:
ARTICULO 68. Se considera que existe vinculación entre personas para los efectos de esta Ley, en los siguientes casos:
I. Si una de ellas ocupa cargos de dirección o responsabilidad en una empresa de la otra.
II. Si están legalmente reconocidas como asociadas en negocios.
III. Si tienen una relación de patrón y trabajador.
IV. Si una persona tiene directa o indirectamente la propiedad, el control o la posesión del 5% o más de las acciones, partes sociales, aportaciones o títulos en circulación y con derecho a voto en ambas.
V. Si una de ellas controla directa o indirectamente a la otra.
VI. Si ambas personas están controladas directa o indirectamente por una tercera persona.
VII. Si juntas controlan directa o indirectamente a una tercera persona.
VIll. Si son de la misma familia.
ARTICULO 69. En una venta entre personas vinculadas, se examinarán las circunstancias de la venta y se aceptará el valor de transacción cuando la vinculación no haya influido en el precio.
Para los efectos de este artículo, se considerará que la vinculación no ha influido en el precio, cuando se demuestre que:
I. El precio se ajustó conforme a las prácticas normales de fijación de precios seguidas por la rama de producción de que se trate o con la manera en que el vendedor ajusta los precios de venta a compradores no vinculados con él.
II. Con el precio se alcanza a recuperar todos los costos y se logra un beneficio congruente con los beneficios globales obtenidos por la empresa en un periodo representativo en las ventas de mercancías de la misma especie o clase.
ARTICULO 78-A. La autoridad aduanera en la resolución definitiva que se emita en los términos de los procedimientos previstos en los artículos 150 a 153 de esta Ley, podrá rechazar el valor declarado y determinar el valor en aduana de las mercancías importadas con base en los métodos de valoración a que se refiere esta Sección, en los siguientes casos:
I. Cuando detecte que el importador ha incurrido en alguna de las siguientes irregularidades:
a) No lleve contabilidad, no conserve o no ponga a disposición de la autoridad la contabilidad o parte de ella, o la documentación que ampare las operaciones de comercio exterior.
b) Se oponga al ejercicio de las facultades de comprobación de las autoridades aduaneras.
c) Omita o altere los registros de las operaciones de comercio exterior.
d) Omita presentar la declaración del ejercicio de cualquier contribución hasta el momento en que se inicie el ejercicio de las facultades de comprobación y siempre que haya transcurrido más de un mes desde el día en que venció el plazo para la presentación de la declaración de que se trate.
e) Se adviertan otras irregularidades en su contabilidad que imposibiliten el conocimiento de sus operaciones de comercio exterior.
f) No cumpla con los requerimientos de las autoridades aduaneras para presentar la documentación e información, que acredite que el valor declarado fue determinado conforme a las disposiciones legales en el plazo otorgado en el requerimiento.
II. Cuando la información o documentación presentada sea falsa o contenga datos falsos o inexactos o cuando se determine que el valor declarado no fue determinado de conformidad con lo dispuesto en esta Sección.
III. En importaciones entre personas vinculadas, cuando se requiera al importador para que demuestre que la vinculación no afectó el precio y éste no demuestre dicha circunstancia.
