Disposiciones de vigencia temporal de Ley de ISR

Buenas noches estimados colegas.

Tengo una duda que les pido sean tan gentiles de aclararme respecto a la aplicación de las Disposiciones de Vigencia Temporal de la Ley del ISR emitidas mediante Decreto publicado en el DOF el 01 de diciembre de 2004.

Mi duda consiste en la siguiente: Si la Ley del ISR vigente en 2006 establecía en su artículo 10 que la tasa del impuesto aplicable era la del 28%, y las citadas disposiciones de vigencia temporal establecían que, tratándose del mismo ejercicio, la tasa aplicable era del 29%, ¿para uds cual de las dos tasas es la aplicable? ¿Y porqué?

Sólo aclarando, el SAT al momento de emitir una liquidación de impuestos internos en la que determina impuesto sobre la renta a cargo de contribuyentes a quienes les revisó el ejercicio 2006, por defaul usa la tasa del 29%. Ahora bien, lo que yo quiero entender es por que usan esa tasa y no la del 28% que ya está establecida en LEY. ¿No creen que al aplicarse la tasa del 29% prevista en un decreto emitido por el ejecutivo indebidamente se encuentra prevaleciendo una norma de menor jerarquía?

¿O cual es el razonamiento o fundamento legal para que las disposiciones de vigencia temporal prevalezcan sobre los dipositivos de la propia Ley? ¿Cuál es la razón de ser o el espíritu de esas disposiciones de vigencia temporal?

DOF: 01/12/2004
DECRETO por el que se reforman, adicionan, derogan y establecen diversas disposiciones de la Ley del Impuesto sobre la Renta y de la Ley del Impuesto al Activo y establece los Subsidios para el Empleo y para la Nivelación del Ingreso.
Al margen un sello con el Escudo Nacional, que dice: Estados Unidos Mexicanos.- Presidencia de la República.
VICENTE FOX QUESADA, Presidente de los Estados Unidos Mexicanos, a sus habitantes sabed:
Que el Honorable Congreso de la Unión, se ha servido dirigirme el siguiente
DECRETO
EL CONGRESO GENERAL DE LOS ESTADOS UNIDOS MEXICANOS, D E C R E T A:
SE REFORMAN, ADICIONAN, DEROGAN Y ESTABLECEN DIVERSAS DISPOSICIONES DE LA LEY DEL IMPUESTO SOBRE LA RENTA Y DE LA LEY DEL IMPUESTO AL ACTIVO Y ESTABLECE LOS SUBSIDIOS PARA EL EMPLEO Y PARA LA NIVELACIÓN DEL INGRESO

¿De dónde obtuviste la información de que el decreto fue emitido por el Ejecutivo?

Saludos.