Primero y antes que nada decir; !Bien Llegado a Casa!
Atendiendo luego la inquietud que te condujo a esta nuestra casa, la duda sobre la deducción, ¿Para efectos de que impuesto la planteas, ISR o IETU, ambos?
Me parece que planteas el caso de una persona física que tiene trabajadores a su cargo, a los que les realiza pagos de horas extras, por lo que decir que para efectos de ISR mientras cumpla con lo dispuesto en el 109-I y el 113, ambos de LISR va bien. Mientras que en IETU deducción como tal no existe, en todo caso se "recupera" vía la aplicación del Crédito por pagos por Salarios Gravados, pero tan solo por la parte gravada.
El SBC es un concepto de seguridad social y en el que debe atenderse a lo dispuesto en el artículo 27-IX de LSS, ¿Por qué la mezcla que realizas en el planteamiento de tu duda?, para definir si las horas extras en materia de ISR a retener van o no gravadas, se requiere conocer el nivel salarial del trabajador. Espero lo comentado sea de utilidad, igual que espero si no ha sido de utilidada puedas replantear la duda para intentar apoyar como es debido.