Lo normal, lógico u obligado es que se debe emitir un CFDI por todo ingreso obtenido. Incluso la lógica nos dice que quien lo otorga debe pedir/solicitar/exigir el comprobante en cuestión, el tema se complica un poco cuando los apoyos se reciben de parte de una entidad gubernamental, esto porque por lo regular se rigen por reglas específicas para cada tipo de proyecto. Se sugiere consultar las reglas aplicables al proyecto en cuestión. Si el donativo lo otorgo directo el concacyt o si se triangulo por medio de un fideicomiso pues no hay de otra mas que preguntar en forma directa a ellos, no tanto si le debes o no emitir un CFDI por el donativo o apoyo recibido, tan simple como hablar con ellos y pedirles los datos fiscales necesarios para emitirles el CFDI por el ingreso obtenido, les pides sus datos, les preguntas si quieren que el comprobante diga algo en particular, es decir, referir el número de proyecto o expediente... al preguntar eso, ellos deben despejar tu duda, ya que si te dan los datos es porque las reglas del programa contemplan la expedición del comprobante, en caso de que no... te lo harán saber.