Que tal Robmo, veo que eres casi de recién ingreso, así que te doy la bienvenida a este gran portal de contadores y asesores fiscales.
Como tú mismo comentas, ya revisaste la determinación de los pagos definitivos mensuales de IVA pertenecientes al ejercicio 2007, mismos que, según entiendo, fueron modificados con sendas declaraciones complementarias en
abril de 2008, pagando ciertas cantidades con actualización y regargos, e inclusive echaron mano de saldos a favor de algunos meses de los ejercicios 2007 y 2008, presentando también los avisos de compensación correspondientes.
Si lo ves detenidamente (y no es albur

), todavía no pasan los míticos cinco años para que se extingan las facultades del SAT, si es que a eso te referias; tanto es así, que por eso los audifas fiscales están revisando los recargos y actualización.
Veo que tienes ya las respuestas, pero sólo te falta un poco de orden:
1.- Determina el monto correcto del IVA a cargo, histórico.
2.- Compara ( 1 ) con el monto declarado, también histórico, ya sea en la normal o complementaria.
3.- Es decir, para efectos de la comparación, no tomes en cuenta los recargos y actualización pagados en ( 2 ).
4.- Si resulta que ( 1 ) es mayor que ( 2 ), tienes una diferencia pendiente de pago.
5.- Ahora sí, recalcula la actualización y los recargos del IVA declarado en ( 2 ).
6.- Si lo recalculado en ( 5 ) es menor a lo que debió pagarse (de seguro es así, y por eso el SAT está revisando), también deberás pagar dichas diferencias en actualizac y en recargos.
7.- Por último calcula la actualizac y los recargos de la diferencia encontrada en ( 4 ).
8.- La suma de lo recalculado en 6 con lo calculado en 7 serán los nuevos y correctos recargos y actualización.
Es cuestión de que hagas números reales y los compartas, pa´ analizarlos todos aquí.
Por cierto, busca con el buscador interno y encontrarás varios temas similares.