Hola,
Yo tambien soy de la opinion que puedes tener conflictos con el SAT, ya que se considerara la ultima declaracion presentada como la definitiva, a lo cual te sugiero que para proximas ocasiones aunque tengas que hechar mano de los fondos de las diferentes cuentas recurras a presentar declaraciones complementarias.
Es decir, tu declaracion Normal fue presentada en una cuenta por $1,500
Tu segundo pago, en la otra cuenta bancaria debio de haberse realizado como Complementaria de esta manera:
1. Impuesto a cargo $ 2,530
2. Impuesto pagado con anterioridad $ 1,500
3. Impuesto a pagar: 1,030
4. Impuesto total pagado: 2,530
5. Y te solitaran la fecha del pago normal y en caso de tener recargos y actualizaciones pues deberas considerarlo pero unicamente sobre la parte que tuvieses pendiente de pago.
Considero tambien que puedes presentar una declaracion complementaria para corregir esta situacion en cualquiera de tus cuentas bancarias, para conjuntar el total del impuesto en una sola declaracion, pero depende del portal bancario que manejes ya que posiblemente para realizar esta correccion tendras que pagar por lo menos $1 para que te deje procesar la informacion en la opcion de pago de impuestos.
Espere haber contribuido para aclarar tu duda.
Saludos,