Haces bien en presentarlo a él como tu cliente y a ti mismo como su contador. La actitud es buena. Ahora bien toda vez que señalas tienen la intención de hacer las cosas en forma profesional, mi sugerencia es la siguiente.
Pregunta a la empresa con la que trabaja la forma en que ellos han dado soporte a la salida de dinero, por los pagos que le han realizado, esto porque uno puede suponer varias cosas, pero todo será mera especulación, en cambio ellos tienen la información cierta y precisa. De igual forma ayudaría conocer los montos de los depositos que le han realizado para cada uno de los tres años que comentas. Insisto, mi comentario y sugerencia se realiza toda vez que indicas no hay la intención de confrontación o molestia para con la empresa que labora, por lo que asumo la relación es cordial, asi que no veo porque no entablar comunicación con ellos a efectos de despejar dudas.
Yo puedo presuponer es comisionista, que le pagan o dan soporte bajo la figura de asimilados, pero eso es especular, no hay como preguntar al que paga e informarle que es porque desean cumplir con el fisco.