Saludos, Aitor.
En el supuesto que nos comentas, el patron hara el calculo correspondiente y realizara las retenciones de ISR por salarios o entregara al trabajador las cantidades por concepto de credito al salario, segun sea el caso.
Como por los ingresos por salarios el contribuyente ya esta aplicando el subsidio, al determinar los pagos provisionales del regimen intermedio calculados segun el Articulo 127 ya no considerara subsidio, sino que el impuesto sera el que resulte directamente de aplicar la tarifa de impuesto correspondiente (LISR Art. 114, penultimo parrafo).
Si hay convenio con el estado, habra que pagar una parte del ISR a la entidad federativa segun el procedimiento descrito en el articulo 136-Bis.
En lo que respecta a la declaracion anual:
El contribuyente debera informar por escrito al patron que el (el trabajador) presentara por su cuenta la declaracion anual, pues es su obligacion al obtener ingresos en el regimen intermedio (Art 117 fr III inciso a).
El contribuyente sumara los ingresos gravados por salarios a la utilidad que tenga del regimen intermedio y disminuira las deducciones personales en caso de tenerlas. Sobre esta base calculara el impuesto segun la tarifa del articulo 177. Tambien determinara el subsidio de acuerdo a la tabla del articulo 178 y restara de este el subsidio no acreditable que conste en la constancia de percepciones y retenciones proporcionada por el patron, obteniendo asi el subsidio acreditable.
La diferencia entre el impuesto de la tarifa del 177 y el subsidio acreditable sera el impuesto sobre ingresos acumulables, al que se sumara el impuesto sobre ingresos no acumulables, si lo hubiera (por ejemplo, si estuviera en el caso previsto en el articulo 112, fr II), resultando el impuesto a cargo. Contra este se disminuiran las retenciones que en su caso le hubiera efectuado el patron y los pagos provisionales efectuados tanto al estado como a la federacion, y el resultado sera el saldo a cargo (o a favor).
Eso es lo que te puedo comentar, espero te sea de utilidad.
